Des enjeux de préservation des milieux naturels consignés dans des espaces de surface limitée, des enjeux de réapparition de biodiversité importants pour assurer le maillage écologique du territoire.
Le territoire du SCOT de Flandre intérieure est très largement dominé par une agriculture qui laisse peu de place aux espaces boisés et aux zones humides. Il en résulte une faible variété d’habitats et une faible diversité en espèces animales et végétales.
Cependant, environ 9,15 % du territoire du SCOT comportent des espaces à enjeux écologiques majeurs ou forts, ces espaces ne bénéficient que de très peu de protection (0,1 %) [1].
Les principales zones à enjeux écologiques sont des zones boisées (la forêt de Nieppe, le bois de Beauvoorde) et des prairies humides. Les seules zones à enjeux écologiques majeurs sont de petits espaces de forêts et des fourrés très humides. Les autres sites sont dispersés sur le territoire avec quelques espaces boisés plus importants près de Steenvoorde.
Seuls 5 % du territoire sont couverts par des milieux forestiers. Il existe douze ZNIEFF de type 1 et une ZNIEFF de type 2, notamment sur les Monts des Cats, de Boeschepe et Kokereel, les monts des Recollets et Cassel, le Bois de Beauworde, les forêts de Nieppe et Clairmarais et leurs lisières, la vallée de l’Yser, etc..
Les enjeux de préservation des espaces naturels du territoire sont notamment liés à la fragmentation forte des milieux, aux consommations foncières et à la fréquentation touristique. Les enjeux de réapparition de biodiversité dans les territoires les plus pauvres sont importants. Ils s’étendent principalement le long des cours d’eau et dans le secteur des Monts des Flandres.