Indépendamment de la quantité, les problèmes de qualité ne permettent pas toujours l’utilisation directe de l’eau prélevée. Pour l’alimentation en eau potable des populations, dont 93 % provient des eaux souterraines en région, les exigences sanitaires imposent des valeurs seuils à ne pas dépasser pour différentes substances.
Par exemple, la teneur excessive en certains éléments présents naturellement nécessite de multiples traitements sur l’eau brute (fer, nickel, …).
En ce qui concerne les nitrates et les phytosanitaires, des captages ne respectant pas les teneurs maximales exigées, ou ne pouvant être protégés vis-à-vis de ces polluants, ont dû être fermés. Le traitement n’est économiquement intéressant que pour des captages de grande ampleur ou si aucune autre source d’alimentation n’est disponible.
Ainsi, fin 2009, plus de 150 captages de production d’eau potable avaient déjà été abandonnés et 51 ouvrages étaient en perspective d’abandon sur un total régional de plus de 750. Ainsi plus de 20% des captages ont été fermés ou vont l’être prochainement.
Parfois, l’amélioration des outils de détection ou le renforcement des exigences sanitaires permettent de nouvelles mesures de substances pouvant présenter des risques sanitaires. Ce fut le cas pour les ions perchlorates, un polluant ancien mais détecté depuis peu.
Concernant les cours d’eau, globalement dégradés et présentant des débits faibles, la très grande majorité des prélèvements qui y sont réalisés sont actuellement destinés à l’industrie et à l’agriculture, dont les exigences en termes de qualité sont moindres que pour les usages domestiques.
