Malgré une forte artificialisation, le territoire dispose de milieux écologiques d’enjeu majeur et d’une belle diversité d’espèces. Les enjeux de préservation et de restauration des écosystèmes sont importants.
Malgré la forte artificialisation de son territoire et la faible proportion laissée aux espaces naturels et semi-naturels, le territoire du SCOT abrite un nombre important des espèces régionales : six espèces de plantes régionales sur dix, les deux tiers des oiseaux, un peu moins de la moitié des espèces de mammifères. De plus, environ 9,5 % des espaces du territoire sont occupés par des habitats à enjeux écologiques majeurs ou forts, seuls 0,63 % du territoire sont protégés (seuls 5,5 % des ZNIEFF de type 1 sont sous protection réglementaire forte ou en Natura 2000). Ils subissent donc des destructions, fragmentation, impliquant la banalisation des espèces.
Les espaces à enjeux majeurs se situent principalement le long des cours d’eau : vallée de la Marque (marais de Fretin et de la Marque), de la Deûle et de la Lys. Ils sont essentiellement composés de forêts riveraines et de forêts et fourrés très humides.
Les enjeux forts se localisent, entre autres, en forêt domaniale de Phalempin, au bois de l’Offlarde et sur le site ornithologique des Cinq Tailles. Ils sont majoritairement constitués de forêts caducifoliées et de prairies humides.
Néanmoins, la couverture du SCOT de Lille Métropole en forêt reste l’une des plus basses de la région : 1,36 % du territoire pour 1 200 ha environ.
L’analyse dynamique des indicateurs de « l’intérêt écologique » montre une érosion continue de la biodiversité du territoire [1].
Il existe donc un enjeu de protection de sites au-delà des protections actuelles : une réserve naturelle régionale (Lac du héron), un arrêté de protection de biotope (prairies des Willemots), le site Natura 2000 des cinq tailles, douze sites protégés au titre des Espaces Naturels Sensibles (ENS).
De plus, dans ce territoire, la biodiversité dite « ordinaire » et les espaces de nature en milieux urbanisés ou à proximité revêtent un rôle très important pour le cadre de vie. Les espaces verts « en ville » couvrent une surface de 4,2 % des zones urbanisées [2]. La réapparition de la biodiversité sur les différents espaces est un enjeu fort sur ce territoire pour limiter les effets de la fragmentation [3].
