Les teneurs en matières organiques s’améliorent mais de nombreux paramètres dégradent encore la qualité de l’eau.
L’analyse des matières organiques et des nutriments présents dans les eaux montre une tendance à l’amélioration depuis 1998 :
– La quantité de matières organiques a diminué de moitié ;
– L’ammonium baisse de l’ordre de 40% ;
– Les orthophosphates diminuent fortement mais restent le principal élément physico-chimique déclassant.
Cette tendance est moins nette pour l’indice « nitrates » qui indique une stabilité, voire une légère tendance à la hausse.
Par contre, en 2011, certaines substances chimiques sont retrouvées presque partout. Ainsi, les HAP [1] sont présents sur 94% des masses d’eau de la région. Si on ne tient pas compte de ces HAP, 75% des masses d’eau sont en bon état chimique.
D’autres substances, majoritairement des pesticides, sont présentes à des doses supérieures au seuil de mauvais état dans 25% des masses d’eau.
La mise en évidence de la présence de huit substances médicamenteuses, sur un total de 20 stations, suite à une campagne de mesure exceptionnelle menée par l’Agence de l’Eau en 2010, pose la question du risque que celles-ci représentent pour l’environnement.
Par ailleurs, la qualité « physique » des milieux aquatiques est fortement dégradée à la fois par l’artificialisation des cours d’eau, la disparition de zones humides connexes, des ouvrages obstacles à la continuité écologique ou l’érosion des sols qui entraine un colmatage de fonds de cours d’eau.
Ainsi, on estime qu’une seule masse d’eau de la région a une faible altération de sa morphologie (cf carte).