La Terre des Deux Caps présente de vastes espaces naturels, et des milieux naturels diversifiés (estrans sableux et rocheux, dunes, prés salés, falaises, etc.). Par conséquent, il existe un enjeu important de préservation de la biodiversité.
Le territoire est particulièrement concerné par la préservation des paysages ordinaires ou remarquables. A ce titre, il convient de souligner la présence du Site des Deux Caps, reconnu comme Grand Site de France (label attribué par l’État à 41 sites exceptionnels comme la Pointe du Raz, le Pont du Gard, les Gorges du Verdon etc.).
La prévention et l’atténuation des risques accrus par le changement climatique concerne essentiellement le mouvement du trait de côte, les risques de submersion marine sur certains secteurs et la prévention des inondations dans la basse vallée de la Slack.
Les enjeux de gestion des sols sont principalement liés au recul du trait de côte.
La préservation des eaux souterraines, avec 47 % de zones à enjeu eau potable sur le territoire, la gestion hydraulique de la Slack et la restauration de la qualité des eaux côtières constituent des enjeux forts pour le territoire.
Le territoire de la Terre des Deux Caps est concerné par le bassin carrier de Marquise, au même titre que le territoire du Boulonnais. Plusieurs entreprises exploitent les craies et marbres du Boulonnais. Ces activités créent de la richesse, mais génèrent des nuisances, sonores notamment.
La Terre des Deux Caps connaît une croissance démographique. L’attractivité résidentielle des zones périurbaines (qui offre un cadre de vie agréable, des prix fonciers et immobiliers moins élevés qu’en coeur de ville, et la possibilité d’occuper un logement individuel), peut avoir des conséquences sur l’environnement et la préservation des paysages particuliers du territoire. En effet, une urbanisation non contrôlée peut se faire au détriment des espaces agricoles et naturels, tandis que des opérations d’aménagement et de construction mal encadrées peuvent mener à une banalisation des paysages.