Les comités de bassin sont indissociables des agences de l’eau avec lesquelles ils partagent un véritable pouvoir de décision, tout particulièrement en matière financière.

Leur composition leur confère en outre une légitimité particulière à l’échelon du bassin et leur a parfois valu le qualificatif de " Parlements de l’eau ". Ils sont également étroitement associés au fonctionnement des agences par le biais des représentants qu’ils désignent au sein de leurs conseils d’administration. Les comités de bassins ont été institués par l’ article 13 de la loi n 64-1245 du 16 décembre 1964 (JO 18 déc., rect. 15 janv. et 6 févr. 1965 ) modifiée.

Leur organisation et leur fonctionnement ont été précisés par le décret modifié n° 66-699 du 14 septembre 1966. Ils bénéficient d’une large indépendance vis-à-vis de l’Etat qui n’exerce sur eux aucun pouvoir de tutelle en l’absence de tout mécanisme de dissolution.