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Les inconvénients des énergies non renouvelables sont principalement liées :
- À la pollution de l’air (hormis pour le nucléaire) ;
- Aux émissions de gaz à effet de serre (GES) directes (sauf pour le nucléaire) et indirectes ;
- À l’utilisation de ressources limitées ;
- Pour le nucléaire, aux problèmes de sureté, recyclabilité en fin de vie et déchets ultimes.

Les énergies renouvelables présentent les inconvénients suivants :
- Déficit de gestion et de stockage de l’énergie (sauf pour les réseaux d’eau chaude et la filière des agrocarburants) ;
- À moindre niveau, des émissions indirectes de GES (fabrication des équipements par exemple, notamment photovoltaïques) et des émissions de polluants dans l’air (bois énergie, biocarburants, méthanisation) ;
- Parfois des conflits de consommation d’espace et d’usage (espaces dédiés aux agrocarburants notamment au détriment d’espaces agricoles, naturels ou urbains) ;
- Recyclage de certains composants.