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Le secteur des transports constitue le principal émetteur de NOx avec 62 000 tonnes émises au niveau régional en 2008. Ces émissions sont, pour plus de la moitié (de l’ordre de 52 % soit près de 32 kt), dues aux poids lourds (dont la motorisation est quasi-exclusivement diesel) et en second lieu aux voitures particulières (33 % soit 20 kt). La part des véhicules utilitaires est plus faible (moins de 15 %, soit 8,6 kt) et celle des deux roues anecdotique.

D’autre part, le secteur routier constitue le 3ème émetteur de PM10 (22 %) après le chauffage des logements et l’industrie.

Avec plus de 6 100 tonnes émises, les émissions de PM10 sont dues :
- À la combustion des carburants, pour 2 417 t (essentiellement par les moteurs diesel qui représentent 97 % de ces émissions) : véhicules particuliers (45 %, soit 1 080 t), véhicules utilitaires (29 %, soit 694 t) et poids lourds (26 %, soit 619 t), deux roues (24 t) ;
- À l’usure des pneus et des plaquettes (931 t) ;
- À l’usure des routes (470 t) ;
- Mais également au ré-envol des particules fines du fait de la circulation routière, qui représente 1 900 tonnes de PM 10 par an (que le graphique ci-contre ne mentionne pas).
Les émissions liées aux autres transports (ferroviaire et fluvial) ne sont que de 400 tonnes.

Les émissions liées aux transports maritimes, mal connues, ne sont pas intégrées à ces estimations. Des questions se posent notamment pour les particules, les oxydes de soufre et les oxydes d’azote.