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En zone urbanisée, la biodiversité se trouve bien entendu dans les parcs, jardins, mais aussi parfois dans ou sur les bâtiments. Elle dépend de la quiétude et de la manière dont ces espaces sont gérés.

Par ailleurs, des activités industrielles ont laissé sur le territoire des habitats « néo-naturels », refuges pour de nombreuses espèces :
- Sur les terrils schisteux du Bassin Minier, on trouve une flore et une faune particulières, propres au caractère minéral et caillouteux, aux pentes et aux expositions variées ;
- Les carrières, pour des raisons similaires, accueillent une flore et une faune spécifiques, souvent remarquables (Sisymbre couché, Hirondelles de rivage, Hibou grand duc…) ;
- Les nombreuses friches industrielles, dont les pelouses métallicoles, ont connu un développement spontané de la végétation depuis des décennies ;
- Les dépôts des boues de dragage de canaux constituent souvent des zones humides spécifiques (flore hygrophile, amphibiens…), de même que les bassins de sucreries (oiseaux).

Enfin, la plupart des milieux souterrains sont d’origine humaine : carrières souterraines (catiches) ou anciennes mines. Ces milieux, ainsi que de nombreux blockhaus, peuvent accueillir des chauves-souris en période d’hibernation ou de reproduction.

Pour certaines espèces (chiroptères et oiseaux notamment), des bâtiments accessibles pourront constituer un habitat de substitution intéressant : couple de Faucons pélerins nichant à Lille, goélands et mouettes sur les toits plats du littoral, Pipistrelles communes dans les anfractuosités de bâtiments anciens…